Sin embargo, su vida tuvo graves sinsabores. Su madre desapareció en 1986, cuando él aún era un adolescente. Luis Miguel nunca ha hablado del tema, pero todo tipo de versiones han surgido en torno al luctuoso suceso: secuestro por parte de unos narcotraficantes, asesinato, infidelidad.
De cuando en cuando, aún se sigue hablando de ella. En el 2009, José Juan Arias, un empresario puertorriqueño, afirmaba ser el padre de Luis Miguel, y le pidió al cantante que se sometiera a una prueba genética para averiguar la verdad. Incluso escribió un libro sobre ello. Por fuerza, un asunto tan siniestro, y lo que significa perder a una madre, trastornaron al ídolo, que siempre se ha mostrado muy hermético y celoso de su vida privada.